История создания центра коллективного пользования "Химический сервисный центр СО РАН" (ХСЦКП СО РАН) берет начало еще в шестидесятых годах прошлого столетия, когда по инициативе академика Валентина Афанасьевича Коптюга и при постоянной поддержке академика Николая Николаевича Ворожцова в НИОХ СО РАН были созданы группы молекулярной спектроскопии (1961 г.), масс-спектрометрии и ядерного магнитного резонанса (1964 г.), и в 1965 г. начал работать первый спектрометр ЯМР.

Важнейшим этапом в создании Центра коллективного пользования стал 1970 год, когда из «внутреннего» ЦКП НИОХ, решающего задачи обеспечения научных исследований института спектральными методами, произошло его превращение во «внешний». Институт органической химии предложил обслуживание современными методами исследования организациям, сталкивающимся с решением структурных и аналитических задач. Информационное письмо, подготовленное В.А. Коптюгом, содержало не только предложения по обслуживанию, но и конкретные условия для регистрации ИК-, УФ-, КР-, ЯМР- и масс-спектров органических веществ. Для понимания масштаба работы, развернутой в централизованных группах физических методов исследования, следует отметить, что в 1970 году было зарегистрировано более 10 тысяч ИК-спектров, 3х тысяч УФ, тысячи ЯМР и сотни масс-спектров для внутренних и внешних пользователей. Успехи, достигнутые в этой области, позволили ученому впервые в стране сформулировать проблемы комплексного использования физических методов исследования для повышения эффективности работы ученых-химиков.

В конце 80-х годов академик В.А. Коптюг, разрабатывая системный подход к решению экологических и природоохранных проблем, отмечает важность аналитических измерений и ставит вопрос об использовании аналитических центров, но уже для мониторинга и контроля объектов окружающей среды. Актуальным направлением для решения этих задач он считал создание в Сибирском отделении базовых аналитических лабораторий, оснащенных современным оборудованием, для обеспечения потребности Сибирского региона в проведении сложных экоаналитических и аналитических исследований с эффективностью и качеством, соответствующим международным стандартам.

Естественным развитием системы базовых лабораторий стала организация на их основе аккредитованных аналитических центров.

В НИОХ СО РАН при постоянной поддержке академика В.А. Коптюга в 1995 г. был организован Испытательный аналитический центр, который прошел в Госстандарте РФ аккредитацию на техническую компетентность и независимость. Центр специализируется на идентификации органических соединений и анализе следовых количеств токсичных веществ в объектах окружающей среды, пищевых продуктах, продовольственном сырье.

В сложных условиях реформ 90-х годов в Российской академии наук остро встал вопрос не только о развитии приборной базы научных исследований, но и о выживании науки в целом. Недостаток финансирования создавал реальную угрозу отставания в приборном оснащении и снижения уровня научных работ. В этих условиях В. А. Коптюг видел выход прежде всего в объединении приборного потенциала институтов СО РАН, централизации скудных бюджетных средств для приобретения уникальных научных приборов, определяющих передовой уровень исследований, участии в международных программах и сотрудничестве с ведущими зарубежными фирмами, производящими научные приборы. При Президиуме СО РАН была организована Приборная комиссия. Сегодня признанной формой эффективной работы научного оборудования стало его коллективное использование институтами.

Принципы коллективного использования научного оборудования получили дальнейшее развитие при организации грантовой системы поддержки научных проектов РФФИ. Сибирское отделение было подготовлено к созданию центров, поэтому сразу при объявлении конкурсов РФФИ в 1995 году было организовано 14 ЦКП в институтах с большой приборной и экспериментальной базой. Одним из этих центров и является ЦКП "Химический сервисный центр СО РАН". Первоначально он имел название "Аналитический ЦКП". В этом же, 1995 году ЦКП был аккредитован как Испытательный аналитический центр НИОХ СО РАН Госстандартом РФ на техническую компетентность и независимость, прошедший в 2000 г., 2006г. и 2013 г. переаккредитацию (аттестат № РОСС RU.0001.510483 от 03.12.2013).

В 2004 г. постановлением Президиума СО РАН № 306 от 09.08.2004 НИОХ СО РАН утвержден как базовая организация Химического сервисного центра коллективного пользования СО РАН, объединившего уникальные дорогостоящие приборы и установки химических институтов Новосибирского научного центра (ИНХ, ИК, МТЦ, ИХТТМ, ИХКиГ СО РАН). НИОХ СО РАН, в котором сосредоточено около 80% приборной базы Химического сервисного центра, стал головной структурой этого Центра.